ก่อตั้งขึ้นเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2532 โดย Mr.Erwin Groebli ซึ่งเป็นมิชชั่นนารีชาวสวิตเซอร์แลนด์ ได้พบเด็กเร่ร่อนกลุ่มหนึ่งในย่านรามคำแหง กรุงเทพฯ และรู้สึกสงสารที่เด็กๆไม่มีบ้านอาศัย จึงได้เช่าห้องพักให้กับเด็กๆเหล่านั้น เพื่อเป็นที่พักผ่อนหลับนอนต่อมาเด็กเหล่านั้นได้ชวนเพื่อนๆเด็กเร่ร่อนด้วยกันมาอยู่เพิ่มมากขึ้น จำเป็นต้องมีสถานที่ที่เหมาะสม จึงเป็นจุดเริ่มต้นของการก่อตั้งมูลนิธิบ้านนกขมิ้นและดำเนินการมาจนกระทั่งปัจจุบัน